Nuo pat savo veiklos pradžios Bernardinų vienuolynas išsiskyrė aktyvia veikla. Jame veikė noviciatas, dar XV a. įkurtas skriptoriumas ir pradėta kaupti biblioteka. 1605 m. čia pradėjo veikti ir Pranciškonų observantų ordino seminarija. Vienuolyne visais laikais gyveno ir dirbo daug dvasininkų. Pavyzdžiui, XVII a. viduryje jame gyveno apie 100, XVIII a. pabaigoje – 55, XIX a. viduryje – apie 40 brolių. Broliai dirbo įvairius darbus bažnyčioje ir vienuolyne: buvo sodininkai, staliai, kalviai, vargonininkai, siuvėjai, tapytojai ir pan.

Po 1863 m. sukilimo Lietuvoje vykdytos caro represijos, nuo jų nukentėjo ir bernardinai. Vienuolynas buvo uždarytas 1864 m., o jo pastatuose įkurdintos kareivinės.

Negrįžtamai Bernardinų istorinį architektūrinį ansamblį suniokojo 1869–1870 m. pro pat Šv. Onos bažnyčios fasadą nutiesta gatvė. Ji perkirto Bernardinų sodą ir šventorių, suardydama išorinį vienuolyno ir bažnyčių ansamblį.

XX a. pradžioje vienuolyne buvo sumūrytas trečias aukštas. 1919 ir 1923 m. interjeras rekonstruotas erdves pritaikant Vilniaus universiteto Dailės fakultetui, vėliau reorganizuotam į Vilniaus dailės akademiją.

Įdomu ir tai, kad bernardinai, ko gero, buvo pirmieji liturginių dramų statytojai Vilniuje. XVII–XVIII a. evangelinius įvykius pamaldų metu papildydavo efektingi vaidybiniai intarpai. Būdavo pasitelkiamos mechaninės judančios skulptūros, pirotechnikos priemonės ir muzika. Taip pat vilniečių gyvenimą retkarčiais paįvairindavo spalvingos procesijos, lydimos teatralizuotų vaidinimų. Jos sutraukdavo įvairių ir bažnytinių, ir amatininkų brolijų.

Uždarius vienuolyną, bernardinai buvo priversti išvykti iš Vilniaus. Tačiau netrukus miesto gatvėse vėl pasirodė rudieji abitai. Laimei, bernardinai niekada neprarado vilties sugrįžti į savo mylimą miestą ir sėkmingai tęsia savą misiją Vilniuje.