Nuo pat įkūrimo pradžios Bernardinų bažnyčios ir vienuolyno veikla tapo neatskiriama Kauno miesto dalimi. Miestiečiai gausiai lankydavosi mišiose, klausydavosi pamokslų, kartu giedodavo bernardinų populiarintas giesmes. Broliai palaikė aktyvius ryšius su visais bendruomenės nariais, su tuo metu mieste veikusiais batsiuvių, siuvėjų, kailininkų cechais.

Per visą Kauno bernardinų vienuolyno gyvavimo istoriją mažesniesiems broliams ne kartą teko atnaujinti vienuolyną. XVII a. pastatus ne kartą siaubė gaisrai, per 1655 m. karą statinius nuniokojo rusų kariuomenė. Lemtingi vienuolyno istorijoje buvo 1812 m., kai Lietuva tapo dviejų Europos imperijų – Rusijos ir Prancūzijos – karinio konflikto zona. Vienuolynas buvo nuolatinis kareivių apsistojimo ir nakvynės punktas, o karių įsiveržimai, apiplėšinėjimai – kasdienybė. Galiausiai vienuolynas paverstas karo ligonine. Brolių gyvenimas vienuolyne buvo neįmanomas.

Karui pasibaigus, sugrįžę bernardinai ir vėl ėmėsi atstatinėti vienuolyną. Deja, jų pastangas ir vienuolyno veiklos atnaujinimo viziją sugriovė carinės represijos, nes jie dalyvavo 1831 m. sukilime. 1842 m. Kauno bernardinų vienuolynas buvo panaikintas. Vienuolyno pastatai suniokoti, pritaikyti kalėjimui, gimnazijai, o vėliau ir kariniam sandėliui. Tuo metu atrodė, kad vienuolynas jau niekada neatsigaus. 1864 m. Žemaičių vyskupijos centrą perkėlus iš Varnių į Kauną, bažnyčia ir vienuolynas buvo perduoti kartu perkeltai kunigų seminarijai.

Didžiausią žalą bažnyčios ir vienuolyno pastatų kompleksas patyrė sovietų okupacijos laikotarpiu. Bažnyčia buvo paversta sandėliu, vienuolyne veikė aukštesnioji medicinos mokykla. Tuo metu buvo prarasta daugybė meno kūrinių, vertingų architektūros ir interjero detalių, pastatų būklė tapo avarinė. Tik 1993 m. vienuolynas grąžintas Mažesniųjų brolių pranciškonų ordinui. Prireikė daugiau nei dešimtmečio, kol pastatas buvo restauruotas, atnaujintas, atkurtos pagrindinės jo funkcijos. Atgimę objektai tapo gyvybinga Kauno miesto dalimi – telkia bendruomenę, traukia turistus, puoselėja piligrimystės tradicijas. Vienuolyno patalpose 2011 m. buvo įsteigti piligrimų namai „Domus Pacis“.