Bažnyčios interjeras labai subtilus ir elegantiškas. Efektingiausiai atrodė iki šių dienų išlikęs septynių altorių ansamblis ir meistriškai apipavidalinta sakykla su paauksuotomis ir pasidabruotomis Kristaus ir apaštalų skulptūromis. Tiesa, iki šių dienų iš dvylikos apaštalų skulptūrų išlikusios tik šešios. Verta paminėti, kad XVII a. viduryje popiežius Inocentas X nurodė, kad visiems, kurie pagal Žemaitijos vyskupo nurodymą aplankys septynis Kretingos bažnyčios altorius ir nuoširdžiai pasimels, bus suteikiami tokie atlaidai, kokius tegalima gauti aplankius septynis altorius Romos Šv. Petro bazilikoje!

Po visais altoriais buvo išmūrytos kriptos, o tarp centrinio altoriaus ir vienuolyno pastatų įrengtas brolių pranciškonų laidojimo rūsys. Natūralu, kad viena iš kriptų, esanti po Didžiuoju altoriumi, skirta Jono Karolio Chodkevičiaus šeimai. Čia ilsisi J. K. Chodkevičiaus žmonos Sofijos, jų vaikų palaikai. Nepaprastai įspūdingai atrodo didžiosios bažnyčios durys, kurias puošia fundatorių herbai, portretiniai atvaizdai ir daugybė efektingų, originalių, vitališkų ornamentų.

Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai bažnyčia ir vienuolynas, kaip ir kiti vertingi pastatai, gerokai nukentėjo per Abiejų Tautų Respublikos karus su Švedijos Karalyste. Šiuo sunkiu laikotarpiu bernardinų bažnyčią globojo tuometis Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičius, jis iš Romos atgabeno ir bažnyčiai padovanojo šv. Agnietės, šv. popiežiaus Felikso, šventųjų kankinių Viktorino, Justino ir Restitutos relikvijas. Šios į Kretingos bažnyčią pritraukė maldininkų ir iš aplinkinių parapijų.

Apie karus su Švedija byloja bažnyčios požemiuose esantis vienuolių laidojimo rūsys, vadinamas Kankinių kripta. Sakoma, kad XVIII a. pradžioje, norėdami sužinoti, kur slepiamos vienuolyno vertybės, švedų kariai nukankino vienuolyną saugoti likusius mažesniuosius brolius – leisgyvius užmūrijo pranciškonų laidojimo kriptoje. Atrasti kankinių ir anksčiau čia laidotų vienuolių kaulai buvo surinkti ir pagarbiai įprasminti. Šiandien kankinių istoriją primena įspūdingas Rimanto Sakalausko sukurtas altorius su langeliais, pro kuriuos galima matyti keturias vienuolių kaukoles. Likę kaulai palaidoti pačiame altoriuje ir po juo.

Šiandienis šventovės eksterjeras buvo suformuotas 1672 m., kai bažnyčia buvo remontuojama po eilinio švedų antpuolio. Prie pagrindinio fasado pristatytas stačiakampis bokštas su piramidės pavidalo smaile, o virš presbiterijos (centrinio altoriaus erdvės) iškilo renesansinis bokštelis. Bažnyčia įgijo renesanso architektūros bruožų. XIX a. antroje pusėje parapinė bažnyčia ir vėl buvo remontuojama. Į atnaujintą šventovę atgabentos šv. Pranciškaus Asyžiečio, šv. Antano Paduviečio, šv. Klemenso ir šv. Kazimiero relikvijos. Sakoma, kad kiekviename iš septynių altorių galima rasti relikvijorių (t. y. liturginį reikmenį, kuriame saugoma relikvija). Jas lankantiems tikintiesiems vyskupas Motiejus Valančius suteikė 40 dienų atlaidus.

Daugėjo parapijiečių, atlaidų, relikvijas lankančių maldininkų, tad Kretingos bažnyčioje tapo per ankšta. Praėjusio amžiaus pradžioje šventovė buvo praplėsta, greta centrinės navos pristatytos dvi mažesnės.

Jau keletą šimtmečių Kretinga garsėja stebuklingu Šv. Antano altoriumi, kuriame kabo šv. Antano paveikslas. Altoriaus viduje saugoma ir šv. Antano relikvija – kaulų gabalėliai, pašventinti vyskupo Motiejaus Valančiaus. Pagrindinės parapijos šventės – Šv. Antano atlaidų – metu pasimelsti prie stebuklingo paveikslo tikintieji atvykdavo iš įvairių Lietuvos miestų. Beje, Šv. Antano atlaiduose tarpukariu lankydavosi ir šalies prezidentas Antanas Smetona.
Tarpukario Lietuvoje tikintieji noriai aukojo bažnyčios atnaujinimo darbams. Atnaujintas interjeras, centrinės navos galinė arka papuošta freskomis, restauruoti altoriai ir jų paveikslai, iš Paryžiaus parvežtas ir bokšte pakabintas šv. Antano varpas.

Antrasis pasaulinis karas buvo skaudus smūgis Kretingos bernardinams ir jų bažnyčiai. 1941 m. vasarą kilusio gaisro ugnis nusiaubė bažnyčią: sudegė garsieji vargonai, bokštas, išsilydė šv. Antano varpas, apdegė stogas. Neilgai trukus, už surinktas parapijiečių aukas buvo uždengtas bažnyčios stogas, suremontuotas jos bokštas, tačiau galiausiai pastarasis atstatytas tik 1982 m. kanauninko Bronislovo Burneikio pastangomis. Kartu kanauninkas pats nuliejo ir į bažnyčios bokštą įkėlė tris varpus. Deja, dabar varpai įskilę ir nebenaudojami.

Šiandien Kretingos Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai bažnyčioje vyksta meno vertybių atnaujinimo darbai: altoriai, paveikslai, kriptos ir kiti vertingi paveldo objektai atgimsta naujam gyvenimui. Čia saugomas ir nepaprastai vertingas paveldo objektas, atkeliavęs iš Gintališkės bažnyčios – Kankinių koplyčioje galima pasigrožėti vargonais, skaičiuojančiais jau ketvirtą šimtmetį! Tai seniausi veikiantys vargonai Lietuvoje, juos būtina pamatyti apsilankius šioje Kretingos šventovėje.