С самого начала своей деятельности Бернардинский монастырь отличался активностью. В нем действовал новициат, еще в XV в. был основан скрипторий и положено начало библиотеке. В 1605 г. здесь была открыта также семинария Ордена францисканцев. В монастыре всегда жило и трудилось много духовников. Так, в середине XVII в. здесь жило около ста, в конце XVIII в. – 55, в середине XIX в. – около 40 братьев. Они выполняли различные работы в костеле и в монастыре: были садовниками, плотниками, кузнецами, органистами, портными, живописцами и др.

Множество людей приходило в бернардинский монастырь, чтобы послушать пение и чтение «Литургии часов» и многочисленные службы. Проповеди, совместное чтение молитв и пение псалмов были одними из важнейших приемов успешного пасторского служения бернардинцев, притягивавшими в костел толпы людей. Бернардинцы обучали основам веры на понятном людям языках. Именно с этим монастырем связаны первые сохранившиеся тексты на литовском языке.

Интересно и то, что бернардинцы, скорее всего, были первыми, кто в Вильнюсе начал ставить литургические драмы. В XVII-XVIII вв. евангельские события во время службы дополнялись эффектными театрализованными вставками. Использовались механические движущиеся скульптуры, пиротехнические средства и музыка. Кроме того, жизнь вильнюсцев иногда разнообразили красочные процессии, которые также сопровождались театрализованным действием. Они привлекали различные братства, как церковные, так и ремесленные.

После восстания 1863 г. в Литве начались репрессии со стороны царских властей. От них пострадали и бернардинцы. В 1864 г. монастырь был закрыт, а в его помещениях были устроены казармы.

Бернардинский историко-архитектурный ансамбль был безвозвратно изуродован в 1869–1870 гг., когда прямо у фасада костела св. Анны была проложена улица. Она пересекла Бернардинский сад и церковный двор, разрушив внешний ансамбль монастыря и костелов.

В начале XX в. в монастыре был надстроен третий этаж. В 1919 и 1923 гг. интерьер был реконструирован для того, чтобы пространство приспособить под нужды факультета изящных искусств Вильнюсского университета, позже реорганизованного в Вильнюсскую художественную академию.

После зкрытия монастыря бернардинцы были вынуждены покинуть Вильнюс. Лишь спустя почти полтора столетия на улицах города вновь появились коричневые сутаны. К счастью, бернардинцы никогда не теряли надежды на возвращение в свой любимый город и сейчас успешно продолжают свою миссию в Вильнюсе.