С момента основания деятельность Бернардинского монастыря и храма стала неотъемлемой частью жизни Каунаса. Горожане активно посещали службы, слушали проповеди, вместе исполняли псалмы, распространяемые бернардинцами. Братья-бернардинцы поддерживали тесные связи со всеми членами общества, с действовавшими в то время в городе цехами сапожников, портных, скорняков.

На протяжении всей истории существования Бернардинского монастыря в Каунасе меньшим братьям не раз приходилось восстанавливать монастырь. В XVII в. пожары неоднократно уничтожали здания, во время войны 1655 г. строения разорила русская армия. Роковым для монастыря стал 1812 г., когда Литва стала зоной военных действий двух европейских империй — России и Франции. Монастырь стал постоянным местом дислокации и ночлега военных, а погромы и грабежи, учиняемые солдатами, превратились в обыденность. В конце концов монастырь превратили в лазарет. Жизнь братьев в монастыре стала невозможной.

После окончания войны бернардинцы вернулись и вновь начали восстанавливать монастырь. Увы, их усилия и проекты по возобновлению деятельности монастыря были сведены на нет репрессиями царской России, последовавшими из-за участия монахов в восстании 1831 г. В 1842 г. Бернардинский монастырь в Каунасе был уничтожен. Монастырские здания были разорены, переделаны под тюрьму, гимназию, а затем и под военный склад. В то время казалось, что монастырь уже никогда не возродится. В 1864 г., после перенесения центра Жемайтийской епархии из Варняй в Каунас, костел и монастырь были переданы семинарии, перенесенной в то же время.

Самый большой урон комплексу костела и монастыря был нанесен во время советской оккупации. Храм был превращен в склад, в помещениях монастыря действовала Высшая медицинская школа. Именно тогда было утрачено множество произведений искусства, ценных элементов архитектуры и интерьера, состояние зданий стало аварийным. Только в 1993 г. монастырь был возвращен францисканскому Ордену меньших братьев. Понадобилось более десяти лет на реставрацию, реновацию и восстановление основных функция здания. Возрожденные объекты стали активной частью жизни Каунаса, объединяя общину, притягивая туристов, поддерживая и развивая традиции паломничества. В помещениях монастыря в 2011 г. был основан дом паломника „Domus Pacis“.