Интерьер костела очень изысканный и элегантный. Эффектнее всего выглядит сохранившийся до настоящего времени ансамбль из семи алтарей, а также амвон, мастерски украшенный позолоченными и посеребренными скульптурами Христа и апостолов. Правда, из двенадцати скульптур апостолов сохранились только шесть. Следует отметить, что в середине XVII в. папа римский Иннокентий X предписал, что каждый, кто по указанию Жемайтийского епископа посетит семь алтарей храма в Кретинге и искренне помолится, получит такое же отпущение грехов, какое можно получить только посетив семь алтарей базилики св. Петра в Риме!

Под всеми алтарями были созданы крипты, а между центральным алтарем и зданием монастыря был устроен склеп для захоронения братьев-францисканцев. Само собой разумеется, что одна из крипт, находящаяся под главным алтарем, предназначалась для семьи Яна Кароля Ходкевича. Здесь покоятся останки жены Я. К. Ходкевича Софии и их детей. Необыкновенно сильное впечатление производят главные двери храма, украшенные гербами меценатов, портретными изображениями, множеством эффектных, оригинальных, витальных орнаментов.

Костел Благовещения Пресвятой Богородицы и монастырь, как и другие ценные здания, сильно пострадали во время войн Речи Посполитой со Шведским королевством. В этот трудный период бернардинский храм находился под опекой Жемайтийского епископа Юрия (Ежи) Тышкевича (Jurgis Tiškevičius). Именно он привез из Рима и передал в дар костелу реликвии св. Агнессы, св. папы римского Феликса, свв. мучеников Викторина, Юстина и Реституты. Они привлекли в храм верующих и из соседних приходов.

О войнах со Швецией свидетельствует также склеп для погребения монахов, находящийся в подвалах костела. Он получил название Крипта мучеников. Рассказывают, что в начале XVIII в. шведские солдаты, желая узнать, где спрятаны монастырские сокровища, замучили оставшихся охранять монастырь меньших братьев – они были заживо замурованы в склепе. Обнаруженные кости мучеников и других, ранее захороненных здесь монахов были собраны и с должным почетом увековечены. Сегодня о судьбе мучеников напоминает созданный Римантасом Сакалаускасом величественный алтарь с окнами, сквозь которые можно увидеть черепа четырех монахов. Остальные кости были захоронены в самом алтаре и под ним.

Современный экстерьер костела сформировался в 1672 г., когда проводился ремонт храма после очередного нападения шведов. Возле главного фасада была возведена прямоугольная башня, увенчанная пирамидальным навершием, а над пресвитерием (центральной алтарной частью) вознеслась ренессансная башенка. Храм приобрел черты, характерные для ренессансной архитектуры. Во второй половине XIX в. приходской костел вновь ремонтировался. В обновленный храм были доставлены реликвии св. Франциска Ассизского, св. Антония Падуанского, св. Климента и св. Казимира. Говорят, что в каждом из семи алтарей можно найти реликварии (то есть литургическую утварь для хранения ценных реликвий). Епископ Мотеюс Валанчюс предоставил всем верующим, посетившим эти святыни, отпущение грехов на 40 дней.

Число прихожан, посещающих храмовый праздник верующих, паломников все росло, так что костел уже не мог вместить всех желающих. В начале прошлого века он был увеличен, к центральному нефу было пристроено два, меньших размеров.

Уже на протяжении нескольких столетий Кретинга славится чудотворным алтарем св. Антония, в котором находится образ св. Антония. Внутри алтаря хранятся мощи святого – частицы костей, благословенные епископом Мотеюсом Валанчюсом. В главный приходской праздник, в день св. Антония, помолиться у чудотворного образа прибывали верующие из разных городов Литвы. Кстати, в межвоенный период на храмовый праздник в день св. Антония приезжал и президент страны Антанас Смятона.
В межвоенный период в Литве верующие щедро жертвовали на восстановление храма. Был обновлен интерьер, задняя арка центрального нефа украшена фресками, отреставрированы алтари и алтарные образы, из Парижа привезен и помещен в башне колокол св. Антония.

Вторая мировая война стала тяжелым ударом для кретингских бернардинцев и их костела. Летом 1941 г. вспыхнул пожар, нанесший значительный ущерб храму: сгорели знаменитый орган и башня, расплавился колокол св. Антония, обгорела кровля. Вскоре на собранные прихожанами средства была заново покрыта крыша храма, отремонтирована его башня, однако окончательно костел был восстановлен только в 1982 г. стараниями каноника Бронисловаса Бурнейкиса. Тогда же он сам отлил и поднял на башню костела три колокола. К сожалению, сейчас они надтреснутые и уже не используются.

Сегодня в храме Благовещения Пресвятой Богородицы в Кретинге проводятся работы по реставрации художественных ценностей: алтари, образы, крипты и другие ценные объекты культурного наследия возрождаются для новой жизни. Здесь также хранится чрезвычайно ценный объект художественного наследия, привезенный из храма в Генталишке – в Часовне мучеников можно полюбоваться на орган, насчитывающий уже четвертое столетие! Это старейший действующий орган в Литве, и на него обязательно следует посмотреть во время посещения этого костела в Кретинге.