Этот костел во все времена обладал особой притягательной силой, пережил и перенес не раз опустошавшие Вильнюс пожары и войны. Первый Бернардинский храм в Вильнюсе был деревянным. Предполагается, что он сгорел в 1475 г. Бернардинский костел неоднократно перестраивался, из маленького деревянного храма в 1506–1516 гг. превратился в замечательное строение, тогда же он был освящен в честь св. Франциска Ассизского. Посещавшие в то время Вильнюс путешественники писали, что новый Бернардинский костел – одно из самых роскошных зданий в городе. Наряду с костелом св. Анны и монастырскими постройками он составлял ансамбль, который в Вильнюсе начала XVI в. отличался величием и своеобразной архитектурой. Предполагают, что в строительстве храма принимали участие некоторые из тех мастеров, которые были заняты в перестройке и обновлении Нижнего дворца князей Великого княжества Литовского, а также в возведении городской оборонительной стены.

Бернардинский костел не раз страдал от бушевавших в Вильнюсе пожаров, а также во время нападений неприятелей. Особенно разрушительными были пожары 1560, 1564 гг., когда было уничтожено внутреннее убранство храма. Позже, во время войны 1655–1661 гг., костел разорила московская армия. Несмотря на то, что меньшим братьям не раз приходилось ремонтировать и менять некоторые части здания, готическая архитектура костела сохранилась с небольшими изменениями до настоящего времени. В XVII–XVIII вв. костел приобрел черты, характерные для ренессанса и барокко. В то время на фасаде была создана фреска, изображающая распятого Христа, издалека извещающая паломников о самой важной ценности этого храма и о сути францисканской духовности.

Во время советской оккупации костел был закрыт. Несколько лет он стоял в запустении, а позже был отдан Вильнюсской художественной академии и превращен в склад. Лишь в 1994 г. меньшие братья вновь вернулись в монастырь, они начали реставрировать, обновлять Бернардинский костел. Возвращенный городу храм приглашал открыть новую страницу своей истории.

Костелом св. Франциска Ассизского можно любоваться не только снаружи – удивительные открытия ждут посетителей и внутри здания. Стены нефов украшают уникальные готические фрески. Это красочные фигурные композиции, изображающие сцены из жизни св. Франциска Ассизского, иногда с надписями, сделанными готическим шрифтом, растительным орнаментом, геральдическими знаками. В костеле есть одиннадцать деревянных алтарей, изготовленных в стиле позднего барокко, отличающихся натуральным цветом дерева. Здесь хранится самое старое известное в Литве распятие XV в. В боковых нефах костела можно полюбоваться на сохранившиеся до настоящего времени сетчатыми, звездчатыми и хрустальными сводами. В костеле похоронено много выдающихся литовских магнатов, сохранились ценные памятники XVII в. на могилах маршалка ВКЛ Станислава Радзивилла Набожного, полководца Петра Веселковского, графа Владислава Тышкевича.